区分商业保函和银行保函就看该保函是谁出具的，即有相关机构的公章及相关代表人签字。
工程担保的主体分为:受益人，保证人及被保证人。受益人就是保函开给谁，谁就是受益人，保证人一般是开具保函方，被保证人就是谁申请出具保函，谁就是被保证人。
在中国，保函一般都是银行或者相关金融机构如担保公司等出具保函。由担保公司出据的保函，称为商业保函；银行出具的保函，称为银行保函。
商业保函的取得较为容易，费用也较低，但由于其本质为商业信用担保，所以公信力较低。另外，公司保函大多有很强烈的地域特色，某一地区被承认的担保公司多是由当地相关部门如建委等批准，因而其出据的保函也只在本地区内被承认。
银行保函，由于其出具方的专业金融性质和实质担保的能力更强以及其银行信用等特点，因而公信力较担保公司出具的保函更强。所以，以许多大型的工程招标过程中，甲方会指定要求乙方出据银行保函而非担保公司保函。与之相对应的是，银行保函的取得过程相对公司保函而言要求更为严格，其基本的要求是被保证方必须在保证银行方有足够的授信额度，如果没有授信额度则需要有不低于被保额度的存款准备，并且该存款在保函有效期内不可被动用。另外，费用较担保公司保函也更高；办理手续的周期也相对更长。
由于保函一般都是无条件不可撤销的保函，因此，一旦受益人认为被保证人履约有瑕疵，受益人只需要向担保机构写封信就可以要求保证人支付相关担保资金，而保证人不能提出任何附加条件，之后，保证人可以向被保证人索赔该资金，因此一旦出具保函而被受益人索赔，而被保证人又无力支付相关资金，保证人将有很大的风险。而且，有时会碰到一些恶意套取保函资金的公司。因此担保方对保函条款的风险审查和被保证人的信誉调查等都要非常重视。